PC-9801BX2/BS2/BA2 1993年（平成5年）11月CPUはi486SX-25MHz/i486SX-33MHz/486DX2-66MHzが搭載され、これらの機種もそれぞれ内蔵ドライブ構成の相違から、/U2（3.5FDD×2）/U7（3.5FDD×1+HDD=210M）/M2（5.25FDD×2）というサブモデル名が存在する。HDD搭載モデルはFDDが1基搭載であるが、この機種から前面パネルの一部を交換でき、オプションで2つに増設することも可能であった。FDDの下にファイルベイが追加されている。このモデルより汎用SIMMが利用可能となり、最大14.6Mバイトの制限が撤廃されたほか、パラレルポート（プリンタインタフェース）がハーフピッチに、マウス端子が丸型に変更されるなど、PC-9800シリーズ過渡期のモデルといえる。9801型番の5インチFDD内蔵モデルはこの機種が最後となり、これ以降はPC-9821Aシリーズの一部のFDDモデルに搭載されるだけとなった。グラフィックアクセラレータチップが省略された点を除けば、それぞれPC-9821Be/Bs/Bpと共通の設計が利用されている。このためPC-9801型番としては珍しく、BA2のみBp相当のセカンドキャッシュが搭載可能だった[47]。BX2のみシステムクロックが低いこともあり、このときの3機種は下位機を拡張しても上位機相当にはならず、それぞれが性能的に差別化されていた。